Bối cảnh phim xảy ra trên con tàu Aegis hiện đại, trên tàu có đầy đủ lực lượng của Bộ quốc phòng cũng như của Lực lượng tự vệ bờ biển Nhật Bản. Ran bị đe dọa, và Conan bắt buộc phải đối đầu với một tên tội phạm nguy hiểm.